Si pris en charge correctement, la Sea-Doo motomarines ne sont pas sujettes à des problèmes opérationnels. Une partie importante de l'entretien Sea-Doo est le service de la pompe à eau régulièrement. Cette partie pompe de l'eau à travers le moteur de la Sea-Doo, qui à son tour, empêche de surchauffe. La pompe se compose d'une roue et les joints, qui doivent être changé au moins une fois par saison si le Sea-Doo est utilisé régulièrement.