Par définition, un marqueur permanent de "marques" restera, même lorsqu'ils sont confrontés avec de l'eau ou d'autres substances. Cependant, même un marqueur permanent ne peut pas promettre à durer éternellement. Ecritures sur bois, par exemple, ce qui est laissé à l'extérieur pour les éléments pourraient ne durera que quelques mois, mais sera certainement durer plus longtemps que l'un de ses homologues solubles dans l'eau. Encres permanentes ont été autour depuis des milliers d'années et certains d'entre eux, en particulier les encres Inde et Sumi, sont restés permanente. Développements en pigments et produits chimiques ont veillé à ce que les encres et les marqueurs permanents modernes durent.