Malgré les nombreux avantages des imprimantes à encre solide, il ya aussi un certain nombre d'inconvénients. Depuis l'encre doit être chauffé, une quantité considérable d'énergie (environ 50 watts) est nécessaire pour faire fonctionner l'imprimante. En outre, l'encre imprimée est peu durable. Il peut être enlevée de papier simplement avec un bord tranchant, comme un ongle, et l'exposition aux rayons directs du soleil pendant de longues périodes de temps peut provoquer une décoloration.
Un autre inconvénient est que les têtes d'impression obstruent fréquemment. Afin d'obtenir les têtes désincrustés une quantité importante d'encre est gaspillée. Ces imprimantes sont également connus pour être bruyant et de pages imprimées sur une imprimante à encre besoin de temps pour sécher sinon l'encre peut salir.