Comment faire un fichier fasta sur un mac

Télécharger un fichier exécutable de FASTA construit pour Mac OS X (voir la Ressource 1). Professeur WR Pearson de l'Université de Virginia maintient un site avec le code source et les fichiers exécutables binaires pour un certain nombre de plates-formes. En Février 2012, la dernière version binaire de FASTA pour Mac OS X est fasta-35.4.11.macosxuniv.tar.gz.

Ouvrez une fenêtre du Finder et naviguer en utilisant la barre de gauche à votre dossier de téléchargement. Double-cliquez sur le fichier binaire exécutable FASTA que vous avez téléchargé. Ce sera décompresser et désarchiver le paquet pour créer un sous-dossier nommé "fasta-35.4.11" dans votre dossier de téléchargement.

Ouvrez une fenêtre de terminal et accédez à votre dossier Téléchargements de la ligne de commande. La commande dans le Terminal sera "cd Téléchargements" si vous utilisez les paramètres par défaut du système. Du dossier Téléchargements, le type "cd fasta-35.4.11" pour entrer dans le dossier de FASTA.

Tapez la commande "bin / fasta35 -q suivants / mgstm1.aa suivants / prot_test.lseg" dans la fenêtre Terminal. Ceci lancera une séquence de requête de test contre une bibliothèque de test. Si cette commande est exécutée correctement, vous verrez un résumé des temps de balayage et de résidus de séquence.

Créez un fichier FASTA aide d'un éditeur de texte, tel que l'application TextEdit ou la commande de vi du terminal. Un fichier FASTA est un simple fichier texte. La première ligne du fichier doit contenir une "gt;" caractère suivi d'un identificateur de séquence. Votre fichier FASTA doit contenir une séquence d'ADN sur les lignes restantes.