Le mécanisme par lequel le plan B fonctionne implique le retardement ou la prévention de l'ovulation, ce qui signifie l'ovaire ne produira pas un œuf pour les spermatozoïdes de féconder. Sans un œuf viable, le sperme ont nulle part où aller et finira par mourir.
Si une femme prend Plan B après qu'elle a déjà ovulé pour le mois, les hormones dans les pilules de contraception d'urgence feront un ovule fécondé incapable de fixer à la paroi de l'utérus. Sans cette action, l'embryon qui en résulte, si elle existe, sera expulsé pendant la menstruation sans la femme ne sache jamais.