En gymnospermes (plante non-floraison), le cèdre bleu de l'Atlas ne fleurit pas, mais reproduit en développant des cônes mâles et femelles sexuées sur ses branches. En début de l'automne les cônes mâles apparaissent à travers les branches des arbres. Ils sont dressées, des cylindres étroits et brun clair, ne mesurant pas plus de 3 pouces de longueur. Ils perdent leur pollen dans le vent et fertiliser les cônes femelles sur l'arbre. Les cônes femelles sont en forme de tonneau et plus rond / rebondie en forme. Au début, ils sont de couleur verte, mais mûrissent sur deux ans pour devenir brun, d'environ 5 pouces de long. Une fois mature, le séchage et se brise et libère les graines nues, secs dans le vent pour la dispersion cône femelle.