Logiciel Zune de Microsoft est entièrement comporté, programme dédié qui permet de synchroniser des fichiers sur le Zune, se double d'un lecteur de musique, et permet aux utilisateurs d'acheter et de louer multimédia en ligne. Cependant, le programme présente des problèmes, y compris une interface intensive de la mémoire et de marquage ID3 discutable. Naturellement, certains utilisateurs de Zune pourraient être intéressés par la synchronisation de leur Zune avec un autre morceau de logiciel multimédia. En l'absence de solutions de rechange officielles au logiciel Zune encore disponibles, il existe un moyen de permettre aux autres logiciels d'accès à votre Zune, aussi longtemps que vous utilisez actuellement Zune firmware 2,0-2,3.