Les complications précoces qui peuvent suivre la chirurgie comprennent des saignements, l'infection, la fistule, vomissements, déshydratation, ou les occurrences les plus rares d'ischémie de stomie ou déhiscence de la plaie. Ischémie implique une irrigation sanguine inadéquate à la zone alors que la déhiscence stomal conduit à la contamination de la plaie avec de la matière fécale provoquant une irritation et de la douleur.
Les complications ultérieures d'une stomie peuvent impliquer une infection persistante, l'obstruction de l'intestin, le cancer, les maladies ou les veines variqueuses de Crohn autour de l'emplacement de la stomie. Un patient est à risque de développer des maladies de la peau telles que la dermatite de contact, le psoriasis, les ulcères de la peau, la cellulite, l'impétigo, ou une infection virale ou fongique.