L'alendronate de sodium peut avoir de nombreux effets secondaires et certains d'entre eux diffèrent chez les hommes et les femmes. L'effet indésirable le plus fréquent pour les femmes est une douleur abdominale. D'autres comprennent des douleurs dans les muscles, les os ou articulaires, des nausées, dyspepia, constipation, diarrhée, flatulence, maux de tête, des régurgitations acides, ulcère de l'œsophage, vomissements, dysphagie, distension abdominale, la gastrite et la perversion de goût. Pour les hommes l'effet secondaire le plus commun de l'alendronate monosodique est régurgitation acide. D'autres effets secondaires sont flatulence, dyspepsie, douleurs abdominales, des nausées, de la diarrhée et de la maladie de reflux gastro-oesophagien.