Nénuphars ont rhizomes et racines qui ancre la plante profondément dans la boue de toujours, l'eau douce de surface. Les racines prennent nutriments, ainsi que de petites réserves d'eau. Ils ne doivent pas prendre d'importantes réserves d'eau puisque la plante est submerged- la face inférieure des feuilles peut aussi prendre de l'eau.