Génétique sont supposés jouer un rôle important dans le développement de CFID. Selon l'article de l'Université du Maryland, les chercheurs ont découvert une séquence de gène qui peut prédire CFID avec une précision de 76 pour cent.
La communauté médicale étudie la possibilité que CFID peut être causée par une infection. Dans jusqu'à 80 pour cent des cas, l'apparition de CFID a été soudaine et accompagné par des symptômes pseudo-grippaux. Quatre personnes sur cinq atteintes de cette maladie ont été trouvés à avoir entérovirus, l'article de UMMC. Les entérovirus infecte le tractus gastro-intestinal et du système respiratoire.
Il ya des théories et suppositions quant à la cause de la fatigue chronique immunodéficience mais aucune preuve concrète est disponible de dire exactement ce qui cause cette maladie. Pour l'instant, les fournisseurs de soins de santé traitent la maladie en traitant les symptômes.