Le NCAAM dit que les aimants, y compris les impulsions aimants, sont généralement considérés comme sûrs et effets secondaires de la thérapie magnétique sont rares. Certaines personnes ne remarquent, cependant, qu'ils éprouvent une rougeur ou une ecchymose où l'aimant est appliqué.
NCAAM dit que la thérapie magnétique pulsé peut se révéler dangereux pour certains groupes de personnes, cependant. la thérapie magnétique ne doit pas être utilisé par les femmes enceintes, comme les effets sur le fœtus ne sont pas connus. Aussi, ceux qui utilisent des dispositifs comme un stimulateur cardiaque, un défibrillateur ou une pompe à insuline doivent éviter les produits parce que la thérapie magnétique pourrait interférer avec les fonctions à commande magnétique de ces dispositifs. Aussi, ceux qui utilisent un médicament qui est livré à travers un patch pourrait subir des effets négatifs de la thérapie électromagnétique d'impulsion. Aimants affectent la dilatation artérielle, ce qui peut affecter la livraison des médicaments.