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Le microscope est utilisé dans une variété de domaines scientifiques à de nombreuses fins différentes. Que ce soit en médecine légale ou la science médicale traditionnelle, le microscope est un instrument indispensable.
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Il est commun pour histologistes pour étudier les cellules et les tissus à l'aide du microscope. Par exemple, si une section de tissu est prélevé pour analyse, histologistes peuvent utiliser un microscope en combinaison avec d'autres outils afin de déterminer si l'échantillon est cancéreuse.
Éléments de preuve recueillis sur les lieux du crime peut contenir des informations qui ne sont pas visibles à l'œil nu. Par exemple, des stries à balles peuvent être examinées sous un microscope pour voir si elles correspondent balles provenant d'une arme particulière.
Il est commun pour les biologistes de terrain pour surveiller la santé d'un écosystème particulier, comme un flux, en utilisant des microscopes pour identifier le nombre et la diversité des organismes dans une région donnée au fil du temps.
Les chercheurs trouvent microscopes un outil précieux quand ils étudient la fonction des protéines dans les cellules. Avec la technologie d'aujourd'hui, de nombreuses protéines peuvent être marqués avec un tag et étudiés dans des cellules vivantes.
Microscopes puissants tels que les microscopes à force atomique ont aidé les scientifiques à étudier les surfaces des atomes individuels.