Entre 1994 et 1998, Ells a ouvert 15 autres restaurants utilisant une combinaison de sources de financement, y compris un autre prêt de son père et l'autre de la Small Business Administration. En 1998, McDonald Corp.made un investissement minoritaire dans l'entreprise. En Octobre 2006, McDonald complètement départis de Chipotle Mexican Grill, Inc. A ce moment, Ells avait élargi la société à plus de 500 endroits.
En 2011, Chipotle ramifiée au-delà de manger mexicain avec shophouse Southeast Asian Cuisine. La société a également investi dans Pizza Locale, une pizzeria de la nourriture fraîche.