Un autoclave aide des réglages standard peut tuer la plupart des bactéries, spores, virus et champignons. Cependant, la plupart des prions ne sont pas tués par un autoclave en utilisant les paramètres standard et certains organismes peuvent survivre à des températures supérieures bureaux de 120 degrés C. La plupart des médecins, des salons de tatouage, les bureaux de dentiste et autres endroits où les instruments pourraient entrer en contact avec les contaminants ont un petit autoclave sur site pour la désinfection. Les hôpitaux utilisent de plus grands autoclaves qui ressemblent à des lave-vaisselle industriels pour stériliser de nombreux éléments à la fois.
La chaleur tue les micro-organismes en provoquant protéines essentielles à la coagulation. Les protéines collent causant des dommages fatals au micro-organisme. Un autoclave cuisine micro-organismes de la même manière un autocuiseur cuit les aliments, mais à une température plus élevée. Autoclaves utilisent de la vapeur à la place de la chaleur sèche, car la vapeur peut plus efficacement transmettre la chaleur aux micro-organismes.