Extraction d'ADN plasmidique utilise une solution alcaline, en ce hydroxyde de sodium cas, pour dénaturer l'ADN plasmidique et d'ADN génomique (bactérienne). Lorsque la solution est ramenée à un pH neutre, l'ADN plasmidique étant beaucoup plus petite que l'ADN génomique est susceptible de ré-annelage. L'ADN génomique à partir de la solution des précipités lors de la centrifugation ou l'extraction de la colonne sous vide en laissant un ADN plasmidique pur relativement à la suspension ou lié à la colonne.